バイカル帝国の最後の君主、竜帝アコール。一連の事件により暴君と化した彼を騎士団長たちは封印に成功した。バイカル帝国は騎士団長たちにより建てられた7つの王国に分断され、アコールの力が封印された遺物と物語のみを残して歴史の一部となった。しかし、その力を狙う者たちの登場でルノーブ皇帝殺害、エクシストゥルク窃盗などといった事件が発生する。そこに巻き込まれたトレジャーハンター、ゼオンの話が『エグゾスヒーローズ』の始まりである。

そして時が経ち、ミッシングリンクと呼ばれる怪奇な事件が発生、竜帝アコールが引き起こした最大の危機を乗り越えたと思ったエグゾス大陸は一変した局面を迎えることになった。エグゾス大陸B218に数多くの多重宇宙が繋げられ、多重宇宙B218を管理していたデスペラードB218は事態を解決するために動き出す。

緊迫した状況とは違い、デスペラードB218本部は閑静とした酒場である。地図にも描いておらず、誰にも行き来する方法が分からないところだが、新しい要員が来たり、ミッシングリンクを解決するためにチームが派遣されたりする。そして、そのチームの一つが、あなたが所属するチームである。 Desperado B218に合流し、任務を遂行せよ。果てしない任務と戦闘の先には、ミッシングリンクの手がかりがある・・・